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一旦验证了治疗靶标，就可以对小分子库进行高通量筛选（HTS），并已被证明是非常有效的技术，用于识别与您的目标相互作用的化合物，通常从屏幕上称为“ hits”。机器人自动化的进步，例如，在微晶板的极高密度到极高密度的测定程序，大大缩短了初始药物筛查和命中率（HTL）筛查期所需的时间。通常，可以使用受体（GPCR）结合，酶促（激酶）反应或离子通道（Ca 2+）通量的荧光读取量来筛选感兴趣的目标，以仅命名一些常见类型。最近，许多组都使用了基于细胞的测定法，允许对细胞特征和功能进行高内感成像来监测HTS期间的活细胞反应。
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