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由不同的微生物物种和病毒组成的微生物组中,在人类健康,环境过程和生物技术应用中起关键作用,并通过生态相互作用相互互动,环境和宿主相互作用。我们对微生物组的理解仍然受到其复杂性的限制和阻碍。一个改善这种理解的概念是系统生物学,它的重点是利用实验和计算方法的生物系统的整体描述。一组重要的实验方法是分析分子特征的微生物组和输出列表的元理论方法。这些数据列表已集成,解释和编译到计算微生物组模型中,以预测,优化和控制微生物组行为。由于缺乏跨学科知识,微生物学家与模特儿/生物信息学家之间的理解存在差距。此知识差距阻碍了微生物组分析中的计算模型。本评论旨在弥合这一差距,并为微生物学家,新手微生物组建模和生物信息学家量身定制。为了实现这一目标,它提供了微生物组建模的跨学科概述,从微生物组,元理论方法,常见的形式主义以及模型如何促进微生物组控制的基本知识开始。它以建模的指南和存储库结束。每个部分提供入门级信息,示例应用程序和重要参考文献,是理解和导航微生物组研究和建模的复杂景观的宝贵资源。

微生物组建模:初学者指南

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