STRING数据库(版本11.0)是描述和展示各种蛋白质之间相互作用的主要来源,涵盖约2460万种蛋白质和来自5.09万个生物体的超过31亿种相互作用。首先,我们将重叠基因上传到STRING网站,并以最小相互作用评分>0.4(低置信度)作为显著阈值。然后下载蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)的TSV格式文件,用Cytoscape软件构建PPI网络。随后,利用Cytoscape自带的分子复合物检测(MCODE)和STRING应用程序对显著的基因模块(簇)进行分类,这些基因模块在PPI网络中具有高度互联的簇。MCODE中的参数采用默认设置。对基因模块中的基因进行药物-基因相互作用分析。
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