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摘要 蛋白质-配体结合是指小分子（药物，又称配体）与体内的受体或蛋白质结合。这种结合事件会引起生物反应，可能是减轻炎症、缓解疼痛等。通常，这种蛋白质-配体复合物可以呈现的姿势或配置数量有限（或可能只有一种）。识别这种生物活性姿势是药物发现中的巨大挑战。通常，它被认为是蛋白质或配体的最低能量姿势，但通常情况并非如此。复合物可以稳定或弥补配体的更高能量构象等。蛋白质和配体都是三维的且具有柔韧性，因此会不断改变形状。这是一个多步骤问题。从配体开始，必须识别配体的生物活性 3D 构象。然后转到蛋白质，生物活性构象是一个更大的挑战，部分原因是分子更大，可能性更多。最后，如果可以识别配体和蛋白质的生物活性构象，那么就需要将配体置于蛋白质内的正确位置和方向，以产生所需的活性。有很多方法可以生成这些姿势，也有很多方法可以尝试确定哪些姿势是正确的（或可能是正确的）。其中一些计算在计算上成本低廉，而另一些计算可能非常昂贵。解决这个问题的一种方法是使用一种相当便宜的方法生成大量潜在姿势，然后进行更昂贵的计算，按成为生物活性姿势的可能性对它们进行排序。但是，生成比人们能够承受的昂贵方法多得多的潜在姿势仍然很容易。关键词：嵌合体、五法则、配体、对接、蛋白质、药物性、spresi。
蛋白质数据库是药物发现的金矿
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