CCCTC结合因子(CTCF)结合了其11个串联锌(ZF)DNA结合域的哺乳动物ChR量型的增强子和启动子的数十含量。除了12-15 bp的核序列外,某些CTCF结合位点还包含上游和 /或3'下游motifs。在这里,我们分别描述了人类CTCF重叠部分的两个结构,包括ZF1 – ZF7和ZF3 – ZF11与DNA的复合体中的ZF1-ZF7和ZF3 – ZF11,它们将核心序列与3'下游或5'上游基序一起结合在一起。像常规的串联ZF阵列蛋白一样,ZF1 – ZF7 fol-DNA的右手扭曲,每个填充物均占据并识别一个在DNA Major Grove中的三个碱基对的三重态。Zf8 pla ys独特的作用,充当跨DNA或gro的间隔物,并定位ZF9 – ZF11,使其与DNA进行交叉接触。我们将ZF1 – ZF7和ZF8 – ZF11的TW O子分组之间的差异归因于每个纤维内两个位置-6和-5处的残基,而ZF1-ZF7的残基和ZF8 – ZF8 – ZF8 – ZF8-ZF8 – ZF8 – ZF8的ZF1 – ZF7的残基和较小的残基。ZF8也富含碱性氨基酸,该氨基酸使盐桥允许在较小的含量中添加到DNA磷酸盐。较高的特异性Ar ginine-鸟氨酸和谷氨酰胺 - 腺嘌呤相互作用,用于ZFS的常规碱基相互作用位置在常规的碱基相互作用位置上进行补充,也适用于ZF9 – ZF11所采用的跨链相互作用。ZF1 – ZF7和ZF8-ZF11之间的差异可以比例化结构,并且可以促进高实用性CTCF结合位点的识别。
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