CP6 期间确实存在一些挑战需要克服。在第一年快结束时，COVID-19 疫情开始推动大量额外支出，这些支出在大部分控制期内持续存在，在最初的商业计划中是无法预料到的。随着整个经济出现新的混合工作安排，疫情后的复苏也减少了乘客数量。虽然休闲市场恢复得很快，在某些地区甚至超过了疫情前的水平，但乘客需求的变化导致商务和通勤市场复苏放缓。2020 年 8 月，卡蒙特铁路脱轨事故造成三人丧生，这突显了在苏格兰多样化的地形和气候条件下运营安全可靠的铁路的复杂性。苏格兰铁路公司努力从那次事件中吸取教训，以进一步将未来发生类似事故的风险降至最低。由于恶劣天气事件和罢工事件越来越多，对列车运营商的赔偿支出也远高于预期。最后，一系列全球和国内事件导致了一代人未曾经历过的高通胀率。