SARS-COV-2是Coronaviridae家族的SARBECOVIRUS属的Betacoronavirus属的成员。来自中国武汉的第一批COVID-19患者的多个SARS-COV-2分离株的基因组具有99.98-99.99%的核苷酸身份4,这表明该病毒仅在人类最近才出现。SARS-COV-2与从中国蝙蝠中分离出的冠状病毒最密切相关,称为SARS相关的冠状病毒(SARSR-COV)。最接近的亲戚是BAT Ratg13-Cov和Bat Rmyn02- COV,它们都是从中国云南省的马蹄蝙蝠中取样的。ratg13-cov在整个基因组中与SARS-COV-2共享96.3%的核苷酸同一性,而RMYN02-COV在长1AB开放阅读框架(ORF1AB)中与SARS-COV-2共享约97%的核苷酸同一性(ORF1AB),尽管其他基因在其他基因中更具分歧>