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亲爱的编辑,迄今为止,已经评估了许多临床批准的药物治疗2019年冠状病毒病的潜力(Covid-19),例如lopinavir/ritonavir,hydroxychoroquine,cobicistat和darunavir。这些药物中的一些已被证明是有效的体外;但是,临床试验表明,这些化合物都没有导致症状或住院时间的显着改善。因此,从定义的目标开始识别候选药物是必不可少的,更可靠的。严重的急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-COV-2)主要蛋白酶M Pro(也称为3Cl蛋白酶)是冠状病毒中最典型的药物靶标之一。在当前的研究,基于SARS-COV-2 M Pro的两个不同结构(PDB ID:6LU7和6M2Q)的结构和序列比对中显示,Ser'46/Ca和Leu'167/Ca之间发生了明显的变化,这表明M Pro的底物结合袋在一定程度上表现出一定程度的灵活性(补充图。s1)。因此,我们使用这两种结构制定了一种多种互交策略,以使用Autodock Vina软件进行基于计算机的高通量虚拟筛选对药物数据库和我们的内部自动处理脚本的可能抑制剂(补充图。s2)。与这两种结构相对的108个分子分子<−8.0 kcal/mol发现。然后选择了相对于袋装体积和PKA值> 12的37个分子量在330至700 g/mol之间的分子。1 a)。2之后,我们专注于11种抗病毒,抗菌和靶向抗肿瘤药物(补充表1)。此外,还使用了几种先前报道的药物参考,例如GC376、1洛皮纳维尔,内菲尔纳纳维尔和达鲁纳维尔。全长SARS-COV-2 M Pro根据其编码序列(GI:1897214688)表达并纯化,并通过表面等离子体共振(SPR)技术检测到M Pro的每个筛选候选物的效率。使用Biacore仪器使用与M Pro相互作用的小分子的梯度浓度测量响应单元。然后,根据稳态分析,基于曲线拟合,测量了受体配体的结合属性,并报告为平衡解离常数(K d)。六种药物在M Pro中表现出极好的结合属性,包括Entretectinib,Indinavir,Cloxacillin,Dolutegravir,Saquinavir和Enasidenib,K D值为55μm或以下(图接下来,进行诱变研究以确认筛选分子与SARS-COV-2 m Pro之间相互作用的特定相互作用。首先,对可能与这些分子相互作用的七个残基的底物结合袋进行了深入分析,包括HIS41,ASN142,CYS145,CYS145,HIS164,MES165,ASP187和GLN189。HIS41,CYS145,HIS164和ASP187被报道为潜在的催化残基。

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