基因组结构变异(SV)是人类遗传多样性的主要来源。尽管许多研究探索了全球人群的SV多样性及其潜在影响1-3,但需要使用模型系统验证来确认报告的基因型 - 表型关联。在这里,通过长阅读的945个汉族基因组的测序,我们确定了111,288个SV,包括24.56%的未报告变体,许多人预测在功能上很重要。我们的分析揭示了汉族人群中这些SV的多方面起源,大约有24%出现在现代人类的共同祖先中。通过整合人口水平的表型,代谢和免疫学数据以及两个人性化的小鼠模型,我们证明了两种SVS的因果关系:一项SV出现在现代人类和尼安德萨省的共同祖先中表型和先天免疫。这些表型中的某些表型以前是未报告的,并且在小鼠敲除实验中是不可培养的表型。我们的结果表明,GSDMD中的SV可以用作快速且具有成本效益的预测生物标志物,用于评估多个器官损伤的GSDMD介导的凋亡,包括顺铂诱导的急性肾脏损伤。虽然最初在han中鉴定出来,但从人到小鼠的功能保护,但在包括HAN在内的非非洲人群中的积极选择的信号,以及与多种疾病风险的关联表明,这两种SV可能都会影响许多非非洲人群的局部适应性,表型多样性以及疾病的易感性。