转录活性模式通过调节元素(例如启动子或增强子)在我们的基因组中编码,这些元素矛盾地含有相似的序列特异性转录因子(TF)结合位点1-3的类似分类。了解这些序列基序如何编码多个,通常重叠的基因表达程序对于理解基因调节以及非编码DNA中的突变如何在疾病4,5中表现出来至关重要。在这里,通过使用自然遗传变异,内源性TF蛋白水平的扰动以及对自然和合成调节元件的大量平行分析,从单个转录起始位点(TSS)的角度研究基因调节,我们显示TF结合对转录起始的影响取决于位置。分析与TSS相对于TSS的TF结合位点的发生,我们确定了具有高度优先定位的几个基序。我们表明,这些模式是TF独特的功能曲线的组合 - 许多TF,包括诸如NRF1,NFY和SP1之类的规范激活剂,激活或抑制转录启动,这取决于其相对于TSS的精确位置。因此,TFS及其间距共同指导转录启动的位点和频率。更广泛地,这些发现揭示了TF结合位点的类似分类如何根据其空间构型产生不同的基因调节结果,以及DNA序列多态性如何促进转录变异和疾病,并强调TSS在解码我们基因组的调节性信息中的关键作用。
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