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室内管理系统的好处可以消除外部天气状况的影响，并使人类对气候条件有更多的控制。但是，空间通常受到密闭系统的限制，动物可能无法锻炼或逃脱具有侵略性的其他人，从而导致高水平的侵略性和其他破坏行为。在非常狭窄的系统中，动物可能无法转身，修饰自己，伸展或从事许多正常的舒适行为。此外，在室内系统中，动物的环境选择经常有限，并且呼吸道和消化疾病的发生率要比室外系统更高，这主要是因为储存密度较高，通风较差，具有更高的空气污染物（例如，灰尘，氨）。热应力在这些系统中可能更常见，因为动物经常无法使用行为适应来避免热环境。
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