微生物在生物肥料生态系统中发挥着关键作用。固氮菌，如根瘤菌、固氮菌和固氮螺菌，将大气中的氮转化为植物可利用的形式，从而减少对合成氮肥的依赖。同样，磷酸盐溶解细菌和真菌，包括芽孢杆菌和青霉菌，从土壤中的不溶性化合物中释放磷。其他微生物，如假单胞菌和菌根真菌，可增强养分吸收，提高植物对非生物胁迫的耐受性 [2]。