命名实体识别是一项信息提取任务,旨在识别文本中的命名实体并将其分类为预定义的类别。嵌套的命名实体识别涉及检测外部实体和内部实体。Bionne竞争[1]是CLEF 2024 Bioasq Lab [2]的一部分,重点是从生物医学文本中提取嵌套的实体。嵌套命名实体类型包括解剖(解剖学),化学物质(化学),疾病(DISO),生理学(物理),科学发现(发现),受伤或中毒损害(伤害_poisoning),实验室程序(LABPROC)和医疗设备(设备)[3]。挑战提供俄罗斯,英语和双语曲目。对于英语曲目,组织者提供了一个带有50个记录和一个带有50个记录的验证的培训集。每个记录都包含一个文本,即PubMed摘要,以及以Brat格式注释的实体列表,其本文中实体的起始和结束位置。在测试阶段,组织者发布了一个带有154个摘要和346个额外文件的测试集,总共有500个记录。我们的团队专注于Bionne English Track。我们的系统使用大型语言模型(特别是Mixtral 8x7b指示模型[4])和一个生物医学模型来查找文章中的实体。然后,系统使用统一的医学语言系统(UMLS)语义类型来过滤和汇总实体。实现可以在GitHub 1上找到。
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