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与水产养殖产品相关的危害与野生鱼类和海鲜品种中的危害大致相同。但是，水产养殖的投入，例如饲料，药物，库存和水以及实践和生产环境，例如靠近其他农业系统，都有可能引入新危害。例如，在水产养殖过程中滥用抗菌药物会导致食品和水体中存在抗菌残基，以及抗菌耐药性（AMR）的选择和扩散。
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