分子结构和分子形状的概念在化学文献中无处不在,在化学文献中,它们通常被视为同义词,在化学教学中不可避免地存在缺点。第三个概念,即分子拓扑,不太频繁,但它是分子研究领域(例如定量结构 - 活性关系)中的参考项。本文提出了对这三个概念的认识论分析,旨在阐明其关系的性质以及它们之间的重点和差异。首先,我们讨论了术语分子结构和分子形状的各种接受。然后,我们研究了这些概念历史上的一些关键里程碑,并从认识论的角度分析了结构,形状和拓扑之间的关系。我们指出了每个概念的区别特征,我们表明它们的语义开放性,在专业的背景下可能是富有成果的,在教学背景下变成了不一致和不准确的来源,这是由于教科书制作的这些术语的误导使用所促进的。最终,我们提出了一个拟合标准,以区分分子形状,分子结构和分子拓扑的概念域。