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微生物在塑造生态系统，驱动生物地球化学周期并保持生态平衡中起关键作用。细菌和真菌分解有机物，回收养分并促进植物的养分吸收。蓝细菌，光合细菌，通过光合作用产生氧气，有助于全球氧的产生和大气稳定性。氮 - 固定细菌将大气氮转化为植物可用的形式，富集土壤的生育能力和农业生产力。微生物共生体，例如豆类根结节中的根瘤菌和植物根中的菌根真菌，与植物互惠互利，增强了营养的获取和胁迫耐受性。微生物群落还调节较高生物体之间的种群动态，捕食和疾病传播，从而影响生态系统的弹性和稳定性。
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