背景:DNA存储是一种非易失性存储技术,用于将数据作为合成DNA字符串存储,可提供前所未有的存储密度和耐用性。然而,将DNA用作实用的数字信息存储介质仍然是一个谜,因为这非常昂贵,并且需要大量时间将数据编码和解码数据与合成DNA进行编码和解码。更重要的是,DNA存储管道的各个阶段(例如,合成,测序等)是易误。此外,DNA会随着时间的流逝而衰减,合成DNA的可靠性取决于各个方面,包括保存介质和温度。允许信息的完美存储和恢复,从而使其与现有的基于闪光灯或磁带技术的竞争性,高级错误保护方案是必不可少的。然而,评估和比较现实模型条件下的各种DNA存储技术和错误纠正代码 - 包括广泛的合成培养基,测序技术,温度和持续时间 - 是非常时间的汇总和昂贵的。结果:在这项研究中,我们提出了种子,这是一种基于误差模型的模拟器,以模仿DNA存储不同阶段累积误差的过程。种子是第一个已知的模拟器,它结合了各种经验得出的统计(或随机?)错误模型,模仿DNA存储中各个阶段的不同类型的误差类型的产生和传播。它的有效性与许多已发表的湿lab实验的数据进行了评估。结论:种子易于使用,并提供灵活的和固定的参数设置,以模仿DNA存储中的误差模型。对体外实验结果的验证表明,其有望模仿DNA存储中错误产生和传播的随机模型。种子可作为带服务器端应用程序的Web界面以及便携式跨平台本机应用程序(可在givethelink中找到)提供。
主要关键词