小胶质细胞是中枢神经系统(CNS)的常驻免疫细胞,因此在调节大脑稳态中起着至关重要的作用。已知它们在神经退行性疾病中的存在,在小胶质细胞中大量表达了与神经变性相关的风险基因,这突出了它们在促进疾病发病机理方面的重要性。转录组学研究发现了健康和疾病中小胶质细胞的异质景观,确定了与疾病相关的重要特征,例如大坝,以及对小胶质细胞表型的区域和时间多样性的洞察力。定量质谱法在神经退行性领域中的增加,被用作鉴定疾病生物标志物并获得对疾病病理学的更深入了解的方法。蛋白质是细胞功能的主要机械指标,但是转录本和蛋白质组学发现之间的不一致强调了对深度蛋白质组学表型和功能分析的需求,以完全了解细胞和分子水平的疾病动力学。本评论详细介绍了使用蛋白质组学来定义小胶质细胞生物学的当前进展,小胶质细胞中基因与蛋白质表达之间的关系以及旨在解决异质细胞景观的蛋白质组学和新兴方法的未来。