摘要 基于 CRISPR/Cas9 的基因敲除 (KO) 能够精确扰动人类细胞中的靶基因功能,理想情况下可以通过分子组学读数以无偏的方式进行评估。通常,这需要漫长的分离 KO 亚克隆的过程。我们在此表明,无论使用哪种向导 RNA,KO 亚克隆在表型上都是异质的。我们提出了一种实验策略,该策略可避免亚克隆并实现细胞池中快速有效的基因沉默,该策略基于两个向导 RNA 的协同组合,这些向导 RNA 位于基因组接近处(40-300 bp)。我们的策略可实现更可预测的插入/缺失生成,具有较低的等位基因异质性,同时残留靶蛋白表达较低或不可检测,这由 MS3 质谱蛋白质组学确定。我们的方法适用于非分裂原代细胞,也可用于研究必需基因。它能够生成仅反映目标消融表型的高置信度组学数据。