人类微生物组影响着各种常用处方药的功效和安全性,但缺乏全面的系统级方法来研究药物-微生物组相互作用。在这里,我们提出了一种人类微生物基因组规模重建的计算资源,称为 AGORA2,它涵盖了 7,206 种菌株,包括微生物药物降解和生物转化,并根据比较基因组学和文献检索进行了广泛的整理。AGORA2 是人类微生物组的知识库和代谢建模资源。我们通过在单一菌株和成对模型中机械地模拟微生物药物代谢能力来证明后者。此外,我们预测了 616 名结直肠癌患者和对照组中个体特异性药物转化潜力。该分析表明,某些药物激活能力仅存在于一小部分个体中,而且药物转化潜力与临床参数相关。因此,AGORA2 为个性化、预测宿主-药物-微生物组相互作用分析铺平了道路。