细菌基因组组装的指数级增长以及研究细菌生命多样性的重要性日益增加,导致人们越来越关注功能基因组学方法。通过将基因组规模的遗传扰动与高通量表型分析相结合,功能基因组学系统地定义了基因-表型关系,从而可以推断未知功能基因的功能。存在几种用于扰动基因功能的高通量方法,包括基于转座子的方法(例如 Tn-seq 和 TraDIS)、敲除收集和 CRISPR 方法。这些方法各有优缺点,并且通常以互补的方式部署。然而,我们对 CRISPR 理解的进步、DNA 合成成本的降低以及新的 CRISPR 模式已导致 CRISPR 被广泛用于整个细菌领域的功能基因组学研究。