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分子动力学旨在模拟原子的物理运动,以便采样Boltzmann – Gibbs的概率度量和相关的轨迹,并使用Monte Carlo估计值来计算宏观特性[1,17]。执行这些数值模拟时的主要困难之一是标准化:该系统倾向于将其捕获在相空间的某些区域,通常在目标概率度量的局部最大值附近。在这种情况下,从一个亚稳态到另一个状态的过渡在复杂的系统中特别感兴趣,因为它们表征例如结晶或酶促反应。与分子时间尺度相比,这些反应长期尺度发生,因此对逼真的罕见事件的模拟在计算上很难。

分子动力学中采样过渡路径的生成方法

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