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n医疗保健的不断发展的领域，整个基因组测序（WGS）的引入已成为一种变革性工具。其在医学研究中的宝贵应用已得到广泛认可，但是其在预防和控制中的作用（IP＆C）策略对于提高患者安全而变得越来越重要（1）。WG识别遗传相关的患者病原体的能力（指示潜在传播或常见来源）为医疗机构提供了IP＆C部门，并提供了及时的干预措施以停止爆发所需的精确信息。传统盟友，由于成本高昂和基础设施要求，WGS目前主要用于反应性测序来确认可疑的爆发（2）。这种方法错过了许多爆发。爆发定义和检测方法是非标准化的（3）。
医疗保健中的病原体基因组学：克服主动监视的障碍
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