机构名称：
¥ 1.0
染色质相关的非编码RNA通过靶向基因组基因座在各种细胞过程中起重要作用。存在两种类型的全基因组NGS实验来检测此类靶标：“一到全部”，该目标的重点是单个RNA的靶标和“全能”，该目标捕获了样本中所有RNA的靶标。与许多NGS实验一样，它们容易出现偏见和噪声，因此检测“峰” - RNA与基因组靶标的特定相互作用至关重要。在这里，我们提出了Bardic - 二项式RNA-DNA相互作用调用器 - 一种量身定制的方法，可检测两种类型的RNA-DNA相互作用数据中的峰值。Bardic是同时考虑数据中两个最突出的偏见的第一个工具：染色质异质性和相互作用频率的距离衰减。由于RNA的相互作用偏好不同，因此根据单个RNA的丰度和接触模式，Bardic适应了峰值大小。这些功能使Bardic能够比当前应用的峰值呼叫算法做出更强大的预测，并更好地处理全部数据的特征性稀疏性。Bardic软件包可以在https://github.com/dmitrymyl/bardic上免费获得。
bardic：强大的峰要求RNA-DNA相互作用数据
主要关键词
相关文件推荐
