微生物群落的特性从微生物之间的相互作用以及微生物及其环境之间的相互作用出现。在生物体的规模上,微生物相互作用是由细胞或细胞 - 资源相遇引发的多步骤过程。微生物相互作用的定量和合理设计需要量化相遇率。通常可以通过相遇内核来量化遇到的率 - 捕获相遇率对细胞表型的依赖性的数学公式,例如细胞大小,形状,密度或运动性以及环境条件,例如湍流强度或粘度。虽然已经研究了一个多世纪的遭遇内核,但通常在微生物种群的描述中没有足够的意见。此外,仅在少数典型的遭遇场景中才知道内核公式。然而,遇到内核可以通过阐明遭遇率如何取决于关键表型和环境变量来指导实验努力来控制微生物相互作用。遭遇内核还提供了在微生物种群生态模型中使用的参数的物理基础估计。我们通过审查传统和最近确定的内核来描述微生物相互作用的这种面向相互作用的观点,这些内核描述了微生物之间的相遇以及水生系统中的微生物和资源之间的相遇。
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