由监管委员会建立。真菌,细菌和古细菌等生物学剂被用作生物剂。通过微生物的生物降解活性,危险物质被解毒或降解。这些微生物通过包含在代谢过程中分解废物中存在的有毒化合物。通常,这种降解是各种生物的集体活动的结果。这些微生物恢复原始环境,也可以防止进一步的污染。乔治·罗宾逊(George M. Robinson)在美国微生物(Microbes)担任石油工程师,是首先使用大规模生物修复来清理加利福尼亚州圣塔芭芭拉(Santa Barbara)的漏油事件。很长一段时间以来,自然生物修复被用于清除废水,但是靶向和受控的危险废物的靶向和受控用途仅在最近才引起人们的关注。
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