然而,由于该系统最初是为了更具体地针对已正式进入欧盟授权程序的转基因事件而开发的,因此在检测欧盟未经授权的转基因生物方面可能会遇到一些问题。首先,如果转基因生物不含有 qPCR 筛选分析中专门针对的转基因元件,则无法检测到。然而,最近的估计表明,当同时使用筛选标记 p35S 和 tNOS 时,这种情况发生在不到 10% 的欧盟未经授权的转基因生物中。10,12,13 其次,如果欧盟未经授权的转基因生物含有至少一种 qPCR 筛选分析针对的转基因元件,则可能出现两种情况。一方面,当样本由欧盟授权和未授权的转基因生物组成,且这些生物具有一些共同的转基因元件,例如 p35S 和 tNOS,qPCR 筛选试验通过鉴定欧盟授权的转基因生物而得出的阳性结果并不能保证不存在欧盟未授权的转基因生物。另一方面,如果无法在观察到的 qPCR 筛选信号与欧盟授权的转基因生物列表之间建立联系,则只能怀疑存在欧盟未授权的转基因生物。此外,qPCR 事件特异性方法通常不适用于欧盟未授权的转基因生物。4,10