科学陈述 我是西班牙国家研究委员会 (CSIC) 的研究教授。1993 年,我毕业于瓦伦西亚理工大学,获得农业工程师学位,并在荷兰莱顿大学获得分子微生物学博士学位,研究项目在荷兰食品研究所 (TNO) 微生物学系进行。我获得了 Ramon y Cajal 奖,并于 2003 年加入瓦伦西亚农业研究所 (西班牙),开发柑橘基因组学的生物信息学工具。2007 年,我加入 CIPF,并于 2010 年成为高级组长,创建了基因表达基因组学实验室。2014 年 8 月至 2021 年 5 月,我是佛罗里达大学微生物学和细胞科学系和遗传学研究所的正教授。2021 年 5 月,我加入 CSIC 综合系统生物学研究所 (I2SysBio),成为佛罗里达大学的兼职教师。 2022 年 1 月,我当选为西班牙皇家工程院院士。我对了解基因表达在基因组水平上的功能方面、跨不同生物体以及与病理过程的关系很感兴趣。我的团队开发了统计方法和软件工具,用于分析转录组的动态方面,将它们与其他类型的分子数据集成并对其进行功能注释,特别关注下一代测序 (NGS) 数据。我是 Blast2GO、Paintomics、maSigPro、NOISeq、Qualimap、SQANTI、tappAS 等流行生物信息学软件的创建者,在全球拥有数万名用户,并率先使用单分子测序技术进行转录组分析。我的研究得到了国家和国际资助机构的大力资助,包括 Horizon Europa、H2020、Marie Curie Actions、NIH、NASA 和 USDA,以及 Santander、JDRF 和 Helmsley 等私人基金会。我领导过多个国际研究联盟项目,包括 STATegra(欧盟第七框架计划,11 个合作伙伴,8 个国家,600 万欧元,用于多组学数据集成)、DEANN(居里夫人行动,16 个合作伙伴,14 个国家,90 万欧元,用于生物信息学科学交流)、LongTREC(居里夫人行动博士网络,12 个合作伙伴,10 个国家,270 万欧元,长读生物信息学工具开发)以及佛罗里达大学的 6 名 PI 团队,旨在开发 1 型糖尿病进展的多组学模型。我(共同)组织过许多生物信息学和 NGS 会议,包括计算生物学领域的主要会议 ISMB,并在五大洲的 10 多个国家开设了专门的生物信息学课程,参加人数超过 500 人。我是 Biobam Bioinformatics 的联合创始人和科学顾问,该公司自 2010 年成立,致力于为生物学家打造生物信息学解决方案。我目前的研究兴趣是开发系统生物学多组学数据整合的统计方法,创建第三代测序数据分析工具,并通过群落建模了解微生物相互作用。
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