机构名称：
¥ 1.0
生物体适应突然的极端环境变化的能力产生了一些最剧烈的快速表型进化的例子。墨西哥四眼鱼（Astyanax mexicanus）在墨西哥东北部的表层水域中数量丰富，但洞穴环境的反复殖民化导致几个种群的洞穴表型独立进化。在这里，我们展示了这个物种的三个染色体规模的组装，一个表面种群和两个洞穴种群，从而首次对独立进化的洞穴种群进行全基因组比较，以评估适应洞穴环境进化的遗传基础。我们的组装代表了最高质量的序列完整性，预测的蛋白质编码和非编码基因指标远远超过了之前的资源，并且据我们所知，超过了所有长读组装的硬骨鱼类基因组，包括斑马鱼。全基因组同源比对显示洞穴形式中的基因顺序高度保守，而与其他系统发育上近或远的硬骨鱼类物种相比，染色体重排的数量更多。通过系统发育评估羊膜动物远缘分支的单个基因直系同源性，我们发现了 A. mexicanus 独有的基因直系群。与代表性表面鱼类基因组相比，我们发现了大量的结构序列多样性，这里定义为插入和删除的数量和大小以及洞穴形态之间的扩展和收缩重复。这些新的更完整的基因组资源确保了更高的性状分辨率，可用于对物种内显著性状差异进行比较、功能、发育和遗传研究。
墨西哥黑鲻表面和洞穴鱼染色体鳞片组装用于发现性状变异
主要关键词
相关文件推荐
