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先前用于质粒DNA（PDNA）纯化的小规模方法无法满足该行业对足够数量的需求。大量的细菌裂解物是较大的体积发酵的结果，传统的大规模下流净化过程具有一些缺点和局限性。市场被认为会继续扩展，因此需要有效，具有成本效益和可扩展的纯化过程的需求显而易见。在pDNA产量和纯度之间存在至关重要的权衡，因此需要在色谱量化步骤中进行仔细考虑。每个步骤都会提高纯度，同时牺牲产量。为了达到更高程度的pDNA产量，最佳纯化需要一个单一的构图步骤，特别是与过滤结合的阴离子交换色谱（AEX）。另外，建议采用涉及AEX的两步纯化方法，然后是疏水相互作用色谱法（HIC），以消除互补杂质并达到高纯度。此外，建议使用整体色谱支撑物的利用来促进纯粹的纯化策略。这是由于整体促进了较高的结合能力，即使在高流速下，也可以确保稳健和一致的结果。
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