组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)作为重要的表观遗传调节酶家族,与癌的发作和进展有关。因此,HDAC抑制已被证明是逆转与癌症相关的异常表观遗传变化的强大策略。然而,大多数发达的HDAC抑制剂(HDACIS)的非选择性概况导致出现各种副作用,从而限制了它们的临床效用。该证据为正在进行的研究旨在识别同工型选择性抑制剂提供了坚实的基础。在同工型中,HDAC1在选择性HDACIS设计的首选目标中尤其引起了人们的关注。因此,在本文中,我们开发了一个可靠的虚拟筛选过程,结合了不同的配体和基于结构的方法,以鉴定具有潜在的HDAC1抑制活性的新型基于苯甲酰胺的类似物。为此,首先根据80%的结构相似性与四个已知的基于苯甲胺基的HDAC1抑制剂,Mocetinostat,Entinostat,Entinostat,Taceadinaline和Chidamide进行了80%的结构相似性。我们包含的内部3D-QSAR模型,源自基于药效团的对准,然后被用作3D Query,以区分具有最高预测的HDAC1抑制活性的命中。所选的命中经过后续的基于结构的方法(诱导拟合对接(IFD),MM-GBSA计算和分子动力学(MD)模拟),以检索具有HDAC1活性位点结合亲和力最高的潜在化合物。总而言之,提出的计算方法可以提供此外,还考虑了选择一组富集的最佳药物样分子的硅网状特性和疼痛过滤。最后,六个排名最高的命中分子,CID_38265326,CID_56064109,CID_8136932,CID_55802151,CID_133901641和CID_18150975均可识别最佳稳定模式和绑定模式。IFD和MD结果合作证实了有希望的选定命中与HDAC1活跃位点中关键残基的相互作用。
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