图 1. APPEAL 克隆。A、从载体 pYJA5 中去除氨苄青霉素抗性基因 (AmpR)。sgRNA1-4 和甲氧苄啶抗性基因 (TmpR) 与三个不同的 PCR 扩增子融合。所有元件均经过 Gibson 组装以形成 4sgRNA-pYJA5 质粒,并用甲氧苄啶筛选转化子。描绘了 4sgRNA-pYJA5 全质粒和 4sgRNA 盒的详细结构。LTR,长末端重复;Ψ,包装信号序列;PB,piggyBac 转座子元件;PuroR,嘌呤霉素抗性元件;hU6、mU6、hH1 和 h7SK 是普遍表达的 RNA 聚合酶 III 启动子;sg,sgRNA。 B、转化大肠杆菌并进行甲氧苄啶筛选后,代表性 pYJA5 限制性片段、3 片段 PCR 和 APPEAL 克隆产物的单菌落 PCR。Bbs I 消化 pYJA5 产生约 1 千碱基 (kb) 的 AmpR 元件条带和约 7.6 kb 的线性化载体条带(左)。使用相应的 sgRNA 引物进行 PCR 后,三个扩增子在琼脂糖凝胶上分别显示预期的 761、360 和 422 bp 大小(中)。使用转化细菌平板中 APPEAL 克隆产物 4sgRNA 盒两侧的引物进行单菌落 PCR 始终产生预期大小(2.2 kb,右)。 C ,8 个具有不同 4sgRNA 序列的独立 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比(每个实验测试 ≥22 个菌落)。D ,四个 APPEAL 实验中正确、重组和突变 4sgRNA 质粒的百分比。每个点代表一个由八个菌落组成的独立生物复制品(n=24;平均值 ± SEM)。E ,高通量格式的 APPEAL 克隆时间线(h:小时;d:天)。
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