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蛋白质在体内稳健且可重复地折叠，但许多人不能在体外与细胞成分分离折叠。在体外或体内，蛋白质本地构象的途径仍然很大未知。硅质中概括蛋白质折叠途径的缓慢进展可能表明我们对折叠的理解在自然界中的理解中的基本缺陷。在这里，我们认为活细胞中的蛋白质折叠可能仅由Gibbs自由能的减少驱动，并提出应将蛋白质折叠在体内建模为活性能量依赖性过程。这种蛋白质折叠机的作用机理可能包括直接操纵肽主链。为了显示蛋白质折叠机的可行性，我们进行了分子动力学模拟，通过使用机械力来旋转C-末端氨基酸，同时限制了N末端氨基酸运动，从而增强了分子动力学模拟。值得注意的是，将这种简单的肽骨架对标准分子动力学模拟的简单操纵的引入确实促进了五种不同α-螺旋肽的天然结构的形成。这种效果可能在体内的共同翻译蛋白折叠期间起作用：考虑到核糖体的肽基转移酶中心tRNA 3'-end的旋转运动，这种运动可能会引入新的肽，并以类似于我们的模拟方式以类似的方式影响肽的折叠路径。
建模蛋白质折叠机可以如何工作
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