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通过开发CRISPR(定期间隔的短质体重复重复)的基因组编辑 - CAS技术彻底改变了生物学领域的许多领域。超过Cas9核酸酶,Cas12a(以前是CPF1)已成为CAS9编辑富含基因组的有希望的替代方法。尽管有承诺,但通过计算工具搜索指导RNA效率预测仍然缺乏准确性。通过计算元分析,我们报告说CAS12A靶标和脱靶裂解行为是核苷酸偏置的因素,相对于原始的邻接基序(PAM)相对于核苷酸不匹配。这些功能有助于训练一个随机的森林机器学习模型,以将准确性提高至少15%,而不是现有算法,以预测CAS12A酶的指导RNA效率。尽管有进展,但我们的报告强调了对更多代表性数据集的需求,并进一步进行基准测试,以可靠,准确地预测CAS12A酶的RNA效率和脱靶效应。

预测使用机器学习靶向定位的CRISPR-CAS12A指南

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