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我们最近开发了定向甲基化和长读测序 (DiMeLo-seq)，以绘制全基因组范围内的蛋白质-DNA 相互作用。DiMeLo-seq 能够绘制单个 DNA 分子上的多个相互作用位点，在内源性 DNA 甲基化的背景下分析蛋白质结合，识别单倍型特异性蛋白质-DNA 相互作用，并绘制难以用短读方法研究的基因组重复区域中的蛋白质-DNA 相互作用。使用 DiMeLo-seq，通过使用蛋白质 A 将 Hia5 甲基转移酶束缚到抗体上，对目标蛋白质附近的腺嘌呤进行原位甲基化。然后通过使用长读单分子 DNA 测序平台（如纳米孔测序）直接读取腺嘌呤甲基化来检测蛋白质-DNA 相互作用。在这里，我们提供了执行 DiMeLo-seq 的详细协议和实用指南。该协议可以在新鲜、轻度固定或冷冻细胞的细胞核上运行。该方案需要 1-2 天进行原位靶向甲基化，1-5 天进行文库制备（取决于所需片段长度），1-3 天进行纳米孔测序（取决于所需测序深度）。该方案需要基本
使用 DiMeLo-seq 绘制蛋白质-DNA 相互作用
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