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摘要：机器学习方法的最新进展对蛋白质结构预测产生了重大影响，但准确生成和表征蛋白质折叠途径仍然难以实现。在这里，我们展示了如何使用在残基级接触图定义的空间中运行的定向行走策略生成蛋白质折叠轨迹。这种双端策略将蛋白质折叠视为势能表面上连接最小值之间的一系列离散转换。随后对每个转换进行反应路径分析，可以对每条蛋白质折叠路径进行热力学和动力学表征。我们根据由疏水和极性残基构成的一系列模型粗粒度蛋白质的直接分子动力学模拟，验证了我们的离散行走策略生成的蛋白质折叠路径。这种比较表明，基于中间能量屏障对离散路径进行排序为识别物理上合理的折叠集合提供了一种方便的途径。重要的是，通过在蛋白质接触图空间中使用定向行走，我们绕过了与蛋白质折叠研究相关的几个传统挑战，即需要较长的时间尺度和选择特定的顺序参数来驱动折叠过程。因此，我们的方法为研究蛋白质折叠问题提供了一种有用的新途径。■ 简介
使用接触图生成蛋白质折叠轨迹...
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