先天免疫是抵御感染性微生物的第一道防线。先天免疫系统依靠生殖系编码的模式识别受体 (PRR) 来识别病原体衍生物质 (Janeway 1989)。通过这些受体激活先天免疫系统会导致大量抗菌效应分子的表达,这些分子会在多个不同层面攻击微生物。先天免疫系统在进化早期就出现了,病原体识别和激活反应的基本机制在大部分动物界中都得到了保留 (Hoffmann 等人 1999)。与先天免疫相反,适应性免疫系统通过体细胞 DNA 重排产生抗原特异性受体、抗体和 T 细胞受体。这些受体仅存在于高等真核生物中,可识别特定的病原体编码蛋白质。哺乳动物具有复杂的免疫反应,它依赖于免疫系统的先天和适应性分支之间的交流。先天免疫反应会产生共刺激信号,该信号与抗原特异性识别相结合,可激活 T 细胞和适应性免疫系统。在没有共刺激的情况下,抗原特异性识别会导致无能而不是激活(Janeway 1989)。因此,抗原特异性反应的激活与先天免疫系统的感染有关。昆虫具有非常强大的先天免疫反应,可有效对抗多种病原体。例如,果蝇可以抵抗和清除细菌负担,相对于其大小,这些细菌负担对哺乳动物来说是致命的(Hoffmann 和 Reichhart 1997)。哺乳动物和昆虫中先天免疫的诱导会导致类似的效应机制的激活,例如刺激基于细胞的吞噬活性和抗菌肽的表达(Hoffmann 等人 1999)。例如,果蝇在受到真菌或细菌感染时会产生多种有效的抗菌肽(Hoffmann and Reichhart 1997)。
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