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近年来的抽象背景,三维(3D)球体模型在科学研究中变得越来越流行,因为它们提供了一种与生理相关的微环境,可以模仿体内条件。与传统的二维细胞培养方法相比,它可以更好地了解3D球体测定法具有优势,因为它可以更好地了解细胞行为,药物功效和毒性。但是,使用3D球体测定法受到了用于球体图像分析的自动化和用户友好的工具的阻碍,这会对这些测定的可重复性和吞吐量产生不利影响。为解决这些问题的结果,我们开发了一种完全自动化的,基于Web的工具,称为Spheroscan,该工具使用了带有卷积神经网络(R-CNN)的名为“掩码区域”的深度学习框架进行图像检测和细分。为了开发一个可以从一系列实验条件中应用于球体图像的深度学习模型,我们使用使用Incucyte Live细胞分析系统和常规显微镜捕获的球体图像训练了该模型。使用验证和测试数据集对经过培训模型的性能评估显示出令人鼓舞的结果。结论Spheroscan允许轻松分析大量图像,并提供交互式可视化功能,以更深入地了解数据。我们的工具代表了球体图像分析的重大进步,并将促进科学研究中3D球体模型的广泛采用。可在https://github.com/funtionalurosology/spheroscan上获得有关Spheroscan的源代码和详细的Spheroscan教程。

Spheroscan:用于球体图像分析的用户友好的深度学习工具。

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