机构名称：
¥ 5.0
基因组DNA经常受到氧化损伤，这被认为是癌症和年龄依赖性下降的主要驱动因素之一。最突出的后果2是将鸟嘌呤改成8-羟基鸟嘌呤（8-oxo-dg），它具有重要的3诱变潜力，并在甲基化介导的基因调节中起作用。在其基因组情境中同时检测和量化8-oxo-dg的方法一直缺乏。 5主要是因为这些方法依赖于间接检测或基于6 DNA的水解。纳米孔测序已被部署，用于直接检测基碱修饰7，例如测序期间的胞嘧啶甲基化。但是，由于缺乏训练数据，目前尚无纳米测序检测8 8-oxo-dg的模型。在这里，我们制定了一种基于合成寡寡寡做的9策略，以创建具有上下文可变性10的长DNA分子，以进行有效的深度学习和纳米孔测序。此外，我们展示了一种训练11方法，适合于与规范12 g相比，以应对8-oxo-DG的极端稀缺性，以实现特定的8-oxo-DG检测。应用于可诱导的组织培养系统，以实现13个氧化DNA损伤，我们的方法揭示了14个基因组的8-oxo-DG分布，这是C> A突变的不同背景模式，以及在周围8-oxo-dg位点的2千克酶窗口中同时发生的5-MC耗竭15。这些发现不仅强调了表观遗传学研究中纳米孔测序的潜力，而且还阐明了8-氧-17 DG在基因组调节中的作用。23通过以18个单分子分辨率同时测量5-MC和8-oxo-DG，我们的研究提供了对19个这些DNA修饰之间功能相互作用的见解。此外，我们使用合成寡核能通过机器学习修饰来产生20个地面真相的方法可以应用于其他21个DNA修饰。总的来说，我们的工作有助于推进表观遗传学领域，22种突出显示纳米孔测序是研究DNA修饰的强大工具。
使用纳米孔测序直接检测8-oxo-dg
主要关键词
相关文件推荐
