和跟踪原子运动,从而提供了详细的见解,对构象变化和分子动力学。5通常,MD模拟从实验确定的三维结构开始,随后能量最小化和对近似生理条件的平衡。MD模拟的强度在于它们能够揭示各个时间尺度上符合符合性变化的能力,从而提供了动态的信息,这很难通过传统的实验方法获得,尤其是在酶变构调节的背景下。变构调节是指通过构象变化调节酶活性的过程,通常会参与关键分子间相互作用的动态调整。由于这些过渡发生在次纳秒至millise-cond时标,因此他们具有挑战性地使用传统的实验技术直接观察。MD模拟提供了很高的时间分辨率,从而实现了调节机制的表征。通过跟踪酶构象变化和内部分子动力学,MD模拟有助于鉴定控制酶活性和信号转导的变构位点,这通常是从单独静态结构分析中获得的信息。6
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