抽象背景:Boltzmann机器是基于能量的模型,已显示出对进化相关蛋白质和RNA家族的域的准确统计描述。它们是根据局部偏见的参数化,该局部偏向残留物保守性,以及对残基之间的上皮共进化的成对项。从模型参数中,可以提取目标域的三维触点图的准确预测。最近,这些模型的准确性也已根据它们在预测突变效应和在计算机功能序列中产生的能力方面进行了评估。结果:我们对Boltzmann机器学习的自适应实现,ADABMDCA通常可以应用于蛋白质和RNA家族,并根据输入数据的复杂性以及用户需求完成了几个学习设置。该代码可在https://github。com/anna-pa-m/adabm DCA上完全获得。举例来说,我们已经学习了三台Boltzmann机器模式 - Kunitz和beta-lactamase2蛋白结构域以及TPP-riboswitch RNA结构域。结论:ADABMDCA学到的模型与最先进的技术在此任务中获得的模型相当,就推论触点图的质量以及合成生成的序列而言。此外,该代码同时实现平衡和平衡性学习,这可以在平衡时进行准确而无损的训练,并在统一时间上过于态度,并允许使用基于信息的标准来修剪不相关的参数。
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