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摘要：分子相互作用图（MIMS）是静态图形表示，描绘了可以使用系统生物学图形符号语言之一形式化复杂的生化网络。不管它们对各种生物学过程的广泛覆盖范围如何，它们都受到动态见解的限制。但是，MIM可以用作开发动态计算模型的模板。我们提出了Metalo，这是一个开放源Python软件包，它可以通过使用通用核心代谢网络的过程说明MIMS推断出布尔模型的耦合。Metalo提供了一个框架来研究信号级联反应，基因调节过程和中央能量生产途径的代谢频道分布的影响。Metalo通过识别陷阱空间来构成布尔模型的异步渐近行为，并提取代谢约束，以将通用代谢网络上下文化。Metalo能够处理大型布尔模型和基因组级代谢模型，而无需动力学信息或手动调整。Metalo背后的框架可以深入分析调节模型，并且可以使无问题的生物领域中缺少OMICS数据，以使通用代谢网络与不当自动重建以及/或疾病特异性新代谢网络的自动重建。Metalo可从https://pypi.org/project/metalo/获得GNU通用公共许可证v3条款。
Metalo：从分子相互作用图中提取的逻辑模型的代谢分析
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