The whole phenomena for designing vaccine of BA.2 (omicron) a variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus2 (SARC-CoV2) is based on five major steps which are (1) sequence retrieval and its structure analysis (2) Epitopsis prediction (B&T-cell epitopsis prediction) (3) Vaccine Construction (4) Secondary & Tertiary structure Extrapolation and Validation (5)分子动力学和表达分析。用于构建潜在疫苗,具有登录号的Omicron的核蛋白磷蛋白序列。ujp23613.1从NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中检索,然后将序列放入expasy ProtPAM工具中,以找出靶蛋白的生理化学特性。通过PSIPRED工具(https://www.expasy.org/)预测蛋白质的二级结构。vaxijen v2.0检查了蛋白质的抗原概率。对于更高的特异性,阈值设置为≥0.4。 Allertop v2.0检查了蛋白质的过敏性。使用trroasetta(https://yanglab.nankai.edu.cn/trrosetta/)检查Omicron蛋白的三级结构。通过使用Bepipred线性表位预测来预测表位。该工具使用隐藏的基于马尔可夫模型的算法,这是一种最佳的线性表位计算方法之一。HOMO SAPIEN被选为MHC来源的ANN 4.0方法,以研究人类中不同的MHC HLA等位基因。IEBD工具根据IC50 nm单元提供了表位的HLA结合亲和力的输出接口。用于构建完整的疫苗5 B细胞表位,分别使用了MHC级I的12个T-Cell表位和MHC级II的19个表位。
主要关键词