研究人员开发了具有越来越复杂和规模的神经系统的计算模型,通常情况下,从头开始模型的开发是不切实际且效率低下的。因此,迫切需要快速找到,评估,重复使用和建立其他研究人员开发的模型和模型组件。我们介绍了Neuroml数据库(Neuroml-db.org),该数据库已开发出来,以满足这一需求并汇总其他模型共享资源。Neuroml-DB存储以前已转换为模块化神经模型描述语言的离子通道,细胞和网络的1,500多个离子通道,细胞和网络模型。数据库还提供了与其他神经科学模型数据库(模型,开源大脑)的相互链接以及对原始模型出版物的访问(PubMed)。这些链接以及神经科学信息框架(NIF)搜索功能提供了与其他神经科学社区建模资源的深入集成,并极大地促进了寻找合适的重复使用模型的任务。作为一种中间语言,NeuroMl及其工具生态系统可以有效地翻译模型为其他流行的模拟器格式。模块化性质还可以有效地分析大量模型和对其性质的检查。数据库的搜索功能以及基于Web的可编程在线界面,使研究人员社区可以快速评估存储的模型电力学,形态和计算复杂性属性。此分析提供了有关模型相似性的进一步信息,以丰富数据库搜索。我们使用这些功能来对神经元和离子通道模型进行数据库规模分析,并描述由细胞模型簇在模型性能和f构图的空间中形成的新型四面体结构。
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