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炎症、感染、免疫、免疫疗法 (I-4ward) 工作组-2023 更新简介：I-4ward 研究组合包括研究促进健康和导致疾病的微生物、既保护我们免受感染又导致组织中破坏性炎症过程的免疫系统以及基于免疫的药物和疗法的项目。I-4ward 优先研究支柱的长期目标是整合 UAB 的专业知识和资源，以建立统一的、尖端的跨学科基础和临床项目，重点是了解支配炎症和感染过程的基本规则，并将这些基础知识转化为新的治疗方法，可供临床医生用于预防和治疗患有免疫、炎症和感染介导疾病的患者。I-4ward 主题成员包括 300 多名教职员工。进度报告由 I-4ward 战略工作组成员编写：Andre Ballesteros-Tato、Khurram Bashir、Mark Banaszak-Holl、David Kimberlin、Frances Lund、Carlos Orihuela 和 Rakesh Patel。I-4ward 工作组的近期目标：在 I-4ward 成为 HSOM 的四个高优先级研究重点领域之一之后，I-4ward 工作组确定了我们的选民，并制定和部署了一项调查来与我们的选民互动。我们评估了数据以确定 300 多名 I-4ward 研究人员的短期和长期需求，他们来自 UAB 内 9 所学院的 39 个部门和 20 多个中心/研究所。从调查结果中，我们发现了许多调查受访者所表达的迫切需求。这些包括：在核心中使用训练有素的员工获得当前的尖端技术；基本生物信息学“分析”专业知识，以便评估首次通过的“组学”数据的质量和结果；针对 I-4ward 研究量身定制的信息学专业知识；以及 I-4ward“服务中心”，将研究人员与合作者、专业知识、样本、模型系统和患者群体联系起来。根据这些需求，工作组确定了 3 个即刻的优先投资领域。下面重点介绍了优先领域 1 和 2 的进展，并描述了推进优先领域 3 的未来计划。优先事项 1：面向 I-4ward 研究人员的技术。我们的当务之急是让我们的研究人员能够使用尖端技术，这些技术有可能推动我们对免疫、炎症和传染病介质的理解发生变革性进步。I-4ward 工作组建议投资于集成单细胞成像技术。考虑到这一点，工作组建议提高我们以单细胞空间分辨率在组织中执行多组学分析的能力。在 HSOM 免疫学研究所 (II) 和奥尼尔综合癌症中心 (O'CCC) 的配套投资下，I-4ward 购买了 Lunaphore COMET 多重成像系统、高性能计算机工作站以及 Visiopharm 软件的使用权。COMET 可用于在一天内用多达 40 种抗体对固定或新鲜组织切片进行染色。Viopharm 软件使用基于深度学习的算法来定义组织和细胞结构，然后可用于分析图像。COMET 多重免疫荧光染色平台于 2023 年春季购买，并于初夏到货。它位于 UAB 流式细胞术和单细胞核心 (FCSCC) 并由其管理，后者是 UAB 机构研究核心计划 (IRCP) 的成员。通过合作，Drs. Julie Carstens（血液学和肿瘤学助理教授）、Harish Pal（FCSCC 科学家）、Aaron Silva-Sanchez（临床免疫学和风湿病学讲师）和 Jeremy Foote（微生物学副教授）负责 COMET 的安装以及用于染色组织阵列的初始抗体组的优化/验证。目前，已验证了 56 种针对人类（28 种抗体）或小鼠（28 种抗体）蛋白的抗体，这些抗体涵盖了主要的免疫细胞类型和组织定义标记，并且已在健康和患病小鼠和人类组织的组织阵列上验证了其特异性和可重复性。Visiopharm 软件现已在 UAB 部署，早期采用者的培训已完成。培训课程已录制并发布在 UAB Kalutra 频道上。与 Research Computing 合作，Azure 虚拟计算系统已建成并正在运行分析套件。目前正在开展工作以支持用户访问非常大的数据集的长期存储解决方案。已经与 16 位研究人员讨论了小组设计，并且至少有 10 项拨款已经提交或将在本周期提交，其中列出了这项服务。前 2 位研究人员提交了样本并正在生成数据。正在进行的工作包括微调抗体染色、扩大抗体库以及最终确定定价、计费和样本工作流程。在接下来的三个月内，COMET 技术平台和相关软件将在 UAB Research Matters 和 HSOM 每周通讯中以及通过传单分发进行宣传血液学和肿瘤学教授）、Harish Pal（FCSCC 科学家）、Aaron Silva-Sanchez（临床免疫学和风湿病学讲师）和 Jeremy Foote（微生物学副教授）监督了 COMET 的安装以及用于染色组织阵列的初始抗体组的优化/验证。目前，已验证了 56 种针对人类（28 种抗体）或小鼠（28 种抗体）蛋白的抗体，这些抗体涵盖了主要的免疫细胞类型和组织定义标记，并且已在健康和患病小鼠和人类组织的组织阵列上验证了其特异性和可重复性。Visiopharm 软件现在已在 UAB 部署，早期采用者的培训已完成。培训课程已录制并发布在 UAB Kalutra 频道上。与 Research Computing 合作，Azure 虚拟计算系统已建成并正在运行分析套件。正在开展工作以支持用户访问非常大的数据集的长期存储解决方案。已经与 16 位研究人员讨论了小组设计，并且至少有 10 项拨款已经提交或将在本周期提交，其中列出了这项服务。前 2 位研究人员提交了样本并正在生成数据。正在进行的工作包括微调抗体染色、扩大抗体库以及最终确定定价、计费和样本工作流程。在接下来的三个月内，COMET 技术平台和相关软件将在 UAB Research Matters 和 HSOM 每周通讯中以及通过传单分发进行宣传血液学和肿瘤学教授）、Harish Pal（FCSCC 科学家）、Aaron Silva-Sanchez（临床免疫学和风湿病学讲师）和 Jeremy Foote（微生物学副教授）监督了 COMET 的安装以及用于染色组织阵列的初始抗体组的优化/验证。目前，已验证了 56 种针对人类（28 种抗体）或小鼠（28 种抗体）蛋白的抗体，这些抗体涵盖了主要的免疫细胞类型和组织定义标记，并且已在健康和患病小鼠和人类组织的组织阵列上验证了其特异性和可重复性。Visiopharm 软件现在已在 UAB 部署，早期采用者的培训已完成。培训课程已录制并发布在 UAB Kalutra 频道上。与 Research Computing 合作，Azure 虚拟计算系统已建成并正在运行分析套件。正在开展工作以支持用户访问非常大的数据集的长期存储解决方案。已经与 16 位研究人员讨论了小组设计，并且至少有 10 项拨款已经提交或将在本周期提交，其中列出了这项服务。前 2 位研究人员提交了样本并正在生成数据。正在进行的工作包括微调抗体染色、扩大抗体库以及最终确定定价、计费和样本工作流程。在接下来的三个月内，COMET 技术平台和相关软件将在 UAB Research Matters 和 HSOM 每周通讯中以及通过传单分发进行宣传COMET 技术平台和相关软件将在 UAB Research Matters 和 HSOM 每周新闻简报中以及通过传单分发进行宣传COMET 技术平台和相关软件将在 UAB Research Matters 和 HSOM 每周新闻简报中以及通过传单分发进行宣传
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