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摘要:CRISPR-CAS9是一种尖端的基因组编辑技术,它使用核酸内切酶Cas9在基因组所需的位点引入突变。这个革命性的工具有望治疗无数的人类遗传疾病。然而,尚未确定DNA裂解的分子基础,这是基因组编辑的基本步骤。在这里,使用量子 - 经典分子动力学(MD)和自由能方法来披露CRISPR-CAS9中磷酸二酯键裂解的两级依赖机理。从头算MD揭示了Mg 2+磅重的RUVC活动位点的构象重排,这需要H983的搬迁作为一般基础。然后,DNA的裂解通过两个Mg 2+离子的联合动力学从根本上进行的一致的关联途径进行。这证明了先前有争议的实验证据,这些证据无法完全确定保守的H983和金属簇构象的催化作用。与其他两级依赖性酶的比较支持了识别机制,并提出了基因组编辑和重组的常见催化策略。总体而言,此处描述的非目标DNA裂解催化解决了CRISPR-CAS9生物学中的基本开放问题,并为提高Cas9酶的催化效率和金属依赖性功能提供了宝贵的见解,这是基于基因组编辑工具的开发的基础。关键字:基因组编辑,QM/mm,自由能模拟,蛋白质/核酸相互作用,非编码RNA,磷酸二酯键裂解,镁辅助催化催化,CRISPR-CAS9■简介

CRISPR中非目标DNA裂解的催化机制...

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