1 Precise genomic deletions using paired prime editing 2 3 Junhong Choi 1,2*# , Wei Chen 1,3* , Chase C. Suiter 1,4 , Choli Lee 1 , Florence M. Chardon 1 , Wei Yang 1 , Anh 4 Leith 1 , Riza M. Daza 1 , Beth Martin 1 , and Jay Shendure 1,2,5,6# 5 6 1 Department of Genome Sciences, University美国西雅图,华盛顿州华盛顿州98195,美国7 2霍华德·休斯医学研究所,西雅图,西雅图,华盛顿州98195,美国8 3分子工程与科学研究所,华盛顿大学西雅图大学,华盛顿大学98195,美国9 4分子和细胞生物学计划98195,美国11 6 Allen Discovery Cell Lineage Tracing中心,华盛顿大学西雅图,华盛顿州98195,美国12 13 *这些作者同样贡献了14#对应关系:junhongc@uw.edu(J.C.)15 16 17摘要18 19精确地删除基因组序列的技术可用于研究20功能,并有可能用于基因治疗。针对编程的21删除的领先当代方法使用CRISPR/CAS9和成对的指南RNA(GRNA)产生附近的两个双链22间断,然后通常在DNA修复过程中删除中间序列。但是,23这种方法可能是效率低下和不精确的,其中包括两个目标站点24的小indels,以及意外的大删除和更复杂的重排。我们证明,与CRISPR/CAS9和GRNA Pairs相比,Prime-Del在编程缺失中的精度明显高28。44 45在这里,我们描述了一种基于Prime-Del的基于25个编辑的方法,该方法使用一对原始编辑的26个GRNA(PEGRNA)诱导删除,该方法靶向相反的DNA链,有效地编程了27个站点,还可以对其进行修复的结果进行编程。我们还表明,29个Prime-Del可用于将基因组删除与短插入相结合,从而使30个连接的缺失不落在原始的Adjacent-Adjacent基序(PAM)位点。最后,我们证明了延长31素数编辑组件的表达时间窗口可以大大提高效率32,而不会损害精度。我们预计,Prime-Del将在启用33个精确,灵活的基因组缺失编程(包括框内删除)以及epiTope 34标记以及可能用于编程重排的基因组删除方面非常有用。35 36简介37 38精确操纵基因组的能力可以严格地研究39个特定基因组序列的功能,包括基因和调节元件。在过去的十年中,基于CRISPR/CAS9的40个技术在这方面已被证明具有变革性,从而可以将41个基因组基因座的精确靶向,并迅速扩大了编辑或扰动方式的曲目1。在42中,特定基因组序列的精确和不受限制的缺失尤为重要,功能性基因组学和基因治疗中有43例关键用例。
主要关键词