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RNA编辑是一种广泛的转录后机制,能够通过插入/缺失或基本替换来修改成绩单。它在哺乳动物中很突出,其中数百万腺苷被酶的成员脱离插入。a-to-i RNA编辑具有大量的生物学功能,但在大规模转录组数据集中的检测仍然是未解决的计算任务。为此,我们开发了Reditools,这是第一个软件包,该软件包专门用于RNA编辑Pro filefifing RNA序列(RNASEQ)数据。它已成功地用于人类转录组中,证明了RNA编辑的组织和细胞类型特异性及其普遍性。在我们的专业重复数据库中收集了有关人类RNASEQ数据的大规模重新分析分析的结果,其中包含超过450万个事件。在这里,我们详细描述了两个基于我们的计算资源,重新数字和重复的生物信息学过程。在第一个程序中,我们概述了在人类细胞系NA12878中检测RNA编辑的工作流,为此,转录组和整个基因组数据可用。在第二个程序中,我们展示了如何在亨廷顿疾病供体的验尸样本中鉴定在特定的重新编码位点上的非调节编辑。在64位计算机上运行≥32GB的随机存储器(RAM)的Linux上,这两个过程均应使用4至24个内核,〜76 h。我们的方案旨在研究具有可用转录组和/或基因组读数的不同生物体中的RNA编辑。可以在https://github.com/bioinfouniba/reditools上获得完成这两个过程和Docker映像的脚本。

在深层转录组数据集中研究RNA编辑,并用重新分类

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