细胞 DNA 不断暴露于可诱发损伤的内源性或外源性因素。已描述了几种类型的损伤,它们可能是由紫外线/电离辐射、氧化应激或自由基等引起的。为了克服此类损伤的有害影响,即致突变性或细胞毒性,细胞拥有高度复杂的 DNA 修复机制,包括通过专用细胞通路针对特定类型损伤的修复酶。此外,DNA 在细胞核中高度压缩,第一级压缩由约 147 个 DNA 碱基对组成,这些碱基对缠绕在组蛋白核心周围,即所谓的核小体核心颗粒。在这种复杂的环境中,DNA 结构受到高度限制,需要涉及重塑过程的微调机制来将 DNA 暴露给修复酶并促进损伤去除。然而,这些核小体特异性机制仍然不太为人所知,计算方法最近才成为研究核小体等复杂系统中 DNA 损伤的有力工具。在这篇小型评论中,我们总结了该领域计算方法带来的最新进展,为核小体背景下的 DNA 损伤和修复研究开辟了新的令人兴奋的视角。