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癌症中抽象的DNA修复缺陷可能会导致特征性突变模式,例如BRCA1/2的缺乏和PARP抑制剂的疗效预测所示。我们基于全基因组突变模式(包括结构变异,Indels和碱基替代特征)的145个单个DNA损伤反应基因的功能丧失(LOF)训练和评估。我们鉴定了24个基因,它们的缺乏症可以很好地预测,包括BRCA1/2,MSH3/6,TP53和CDK12 LOF变体的预期突变模式。cdk12与串联重复相关,我们在这里证明,这种关联可以准确预测前列腺癌的基因缺乏(接收器操作员特征曲线下的面积= 0.97)。我们的新型关联包括ATRX,IDH1,HERC2,CDKN2A,PTEN和SMARCA4的单或双重LOF变体,并且我们的系统方法产生了预测模型的目录,这可能提供了用于进一步研究和开发治疗的目标,并有助于指导治疗。

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